W ramach współpracy II Liceum Ogólnokształcącego w Toruniu a Hainberg Gymnasium w Getyndze jest prowadzona od 29 lat regularna wymiana uczniów obu szkół. To najstarsza i najbogatsza w doświadczenie współpraca toruńskiej szkoły ze szkołą w Niemczech. Organizatorzy wymian stawiają sobie za cel główny integrację młodzieży polskiej i niemieckiej, natomiast jako cele szczegółowe poznanie kultury i historii krajów niemieckojęzycznych, zasad funkcjonowania szkolnictwa zarówno niemieckiego jak i polskiego, ćwiczenie umiejętności posługiwania się językiem obcym oraz szukanie w dziedzinie nauki polskiej i niemieckiej wspólnych cech i kierunków działań. Obie szkoły starają się, aby wizyty grup uczniów polsko-niemieckich były bogate pod względem merytorycznym jak i kulturalnym i nawiązywały do tradycji oraz historii obu państw. Przygotowują w tym celu ciekawe programy pobytu powiązane z realizacją projektu na określony temat. Przez wiele lat tematem przewodnim spotkań była ekologia: troska młodego człowieka o stan środowiska, w jakim żyje. Wymiana polsko-niemiecka finansowana jest ze środków fundacji Polsko-Niemieckiej Współpracy Młodzieży w Warszawie oraz ze środków wpłacanych przez rodziców uczniów biorących w niej udział.

W 2004 roku II Liceum Ogólnokształcące w Toruniu nawiązało kontakty z nowym partnerem niemieckim: szkołą Heinrich-Heine Gymnasium w Dortmundzie. Współpraca ta prowadzona jest również w formie wymiany międzynarodowej, w której uczestniczą uczniowie w wieku 16 – 18 lat. W czerwcu 2005 r. młodzież polska udała się po raz pierwszy z wizytą do Dortmundu, natomiast grupa niemiecka odwiedziła Toruń we wrześniu 2005r. Kolejny program wymiany realizowany był po dłuższej przerwie w roku 2014. Obecnie obie szkoły aplikują wspólnie wypracowany projekt „Odkrywamy historię i walory turystyczne naszych miast” do projektu europejskiego Erasmus +. Projekt ten realizowany będzie w latach 2019 – 2021.

W 2005 roku II LO w Toruniu nawiązało kontakt i rozpoczęło współpracę z Laboratorium Eksperymentalnym dla młodych ludzi w Getyndze. Do współpracy tej zaprosiło również inne licea ogólnokształcące z Torunia, Wydział Fizyki i Astronomii oraz Wydział Chemii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Celem tych kontaktów było przygotowanie projektu: „Most uczniów i nauczycieli miast partnerskich Torunia i Getyngi”. Przez dziesięć lat II LO było koordynatorem projektu i organizatorem corocznych wyjazdów młodzieży do centrum badawczego do Getyngi. Głównym założeniem projektu było m.in.: uatrakcyjnienie zajęć przyrodniczych, przygotowanie młodzieży do świadomego wyboru kierunku studiów wyższych oraz zwiększenie zainteresowania studiowaniem na kierunkach przyrodniczych. Osiągnięcie tych założeń stało się możliwe dzięki bezpośredniemu kontaktowi uczniów ze światowej sławy naukowcami oraz dzięki dostępowi do akademickiej bazy eksperymentalnej z najnowocześniejszym wyposażeniem. Projekt spotkał się z bardzo pozytywnym przyjęciem zarówno w środowisku toruńskich szkół ponadgimnazjalnych jak i w środowisku akademickim. Budynek Xlabu przyciąga różnorodnością zajęć i oryginalnym wyglądem. Na każdym piętrze rozmieszczone są pracownie dla poszczególnych przedmiotów przyrodniczych, którym przypisano następujące kolory: czerwony dla fizyki, żółty dla chemii, zielony dla biologii a niebieski dla matematyki i informatyki. W latach 2005 – 2014 do Getyngi wyjechało ok. 200 najlepszych uczniów toruńskich liceów ogólnokształcących. W programie zajęć eksperymentalnych prowadzonych w języku angielskim znalazły się: badanie własności mikrofal, analiza DNA, synteza aspiryny, badanie elektryczności ryb oraz omówienie budowy serca. W corocznych pobytach toruńskiej młodzieży w Xlabie nie zabrakło spotkań z przedstawicielami władz miasta Getyngi oraz punktów o charakterze turystycznym i kulturalnym. Uczniowie zwiedzali m.in. takie miasta jak: Kassel i Goslar. Po całodziennej pracy badawczej odpoczywali w Getyńskim Aquaparku czy kręgielni.

W dniach 15-18 październik 2018 delegacja nauczycieli II Liceum Ogólnokształcącego przebywała w ramach wizyty studyjnej w szkole Ascerville w Trydencie we Włoszech. Celem wizyty było przygotowanie projektu umowy o Współpracy między szkołami oraz ustalenie szczegółów merytorycznych dotyczących organizowanej w ramach współpracy wymiany młodzieży polsko – włoskiej. Pierwsze spotkanie uczniów obu szkół odbędzie się w dniach 1-8 czerwca 2019 roku w Trydencie/Trento na terenie Włoch. Młodzież naszej szkoły będzie miała możliwość uczestniczenia w zajęciach edukacyjnych, wycieczce edukacyjno-krajoznawczej do Wenecji oraz Rivy de Garda. Mieszkając w domach rodzinnych swoich włoskich partnerów z wymiany będą mieć niepowtarzalną okazję ćwiczenia sprawności językowych w szczególności komunikując się z uczniami i ich rodzinami w sytuacjach codziennych. Organizatorom i uczestnikom wymiany życzymy samych słonecznych i pozytywnych wrażeń. Do zobaczenia we Włoszech Ci vediamo in Italia

Od 2010 roku II Liceum Ogólnokształcące współpracuje z Instytutem Badań nad Oddechem Uniwersytetu Medycznego w Innsbrucku w Austrii. W ramach tej współpracy realizowany jest projekt FEM BREATH, projekt polegający na uczestniczeniu uczniów szkół ponadgimnazjalnych z różnych krajów Europy w zajęciach specjalistycznych prowadzonych przez pracowników naukowych Wydziału Atemgasanalyse. Wydział ten zajmuje się prowadzeniem badań związanych z wykrywaniem chorób na podstawie składu chemicznego ludzkiego oddechu. Młodzież II Liceum Ogólnokształcącego w Toruniu uczestniczyła w zajęciach w Innsbrucku już dwukrotnie: w 2010 i 2013 roku. Ze strony polskiej za organizację projektu odpowiedzialna jest Joanna Masłowska – wicedyrektor i nauczyciel języka niemieckiego. Idea zajęć laboratoryjnych na terenie Uniwersytetu Medycznego w Innsbrucku ma ogromne znaczenie dla rozwoju zainteresowań młodzieży naukami przyrodniczymi i medycznymi. W trakcie prowadzonych przez naukowców zajęć uczniowie zajmowali się wykrywaniem chorób układu oddechowego na podstawie próbek oddechu lub wykrztuszanej wydzieliny z dróg oddechowych; porównywali skład chemiczny zdrowego i chorego materiału oraz wykrywali zawartość amoniaku, izotopu węgla a także badali tolerancję laktozy; Przy okazji realizacji tego projektu młodzież toruńska miała również okazję spotkać się z przedstawicielami władz miasta Innsbrucka oraz zwiedzić piękne zakątki austriackiego Tyrolu. Projekt w całości refundowany jest przez stronę austriacką.